靛蓝航线以碧蓝航线的世界观为创作蓝本，玩家将化身指挥官。一场惨烈战役过后，你苏醒在一座偏远、未经开发的孤岛之上，远离人类文明。仅有数名舰娘伴你左右，其中包括大凤与新泽西。
在探索岛屿、摸索临时生存作息与日常点滴之间，你需要守护、引导她们，保障众人活下去，同时不断加深彼此之间的羁绊。这座岛屿看似宁静，宁静得近乎反常，当你从零开始搭建新家园时便会知晓，并非所有危机都会伴随着轰鸣降临，有时危险，就潜藏在熟悉的笑容之下。
在靛蓝航线之中，生存要日复一日维系，信任亦是如此。